Küçük Mustafa’nın öğrenim çağı geldiğinde anne ve babası arasında görüş ayrılığı belirdi. Zübeyde Hanım, oğlunun geleneklere uygun bir törenle mahalle mektebine verilmesinden yanaydı. Ali Rıza Efendi ise yeni yöntemlerle eğitim yapan Şemsi Efendi Okulu’na gitmesini istiyordu.

Ali Rıza Efendi, Zübeyde Hanım’ında isteğini dikkate alarak Mustafa’yı ilk önce mahalle mektebine, ardından da Şemsi Efendi Okulu’na gönderdi. Ali Rıza Efendi’nin 1888 yılında hayatını kaybetmesi üzerine, büyük sorunlarla karşı karşıya kalan Zübeyde Hanım, çocuklarını yanına alarak Selanik yakınlarında Langaza’daki Rabla Çiftliğinde çalışan ağabeyinin yanına gitti. Küçük Mustafa böylelikle öğrenimine bir süreliğine ara vermek zorunda kaldı.

Ancak Zübeyde Hanım, Mustafa’yı okulsuz bırakmak istemiyordu. Tekrar çocuklarıyla birlikte Selanik’te bulunan kız kardeşinin yanına döndü. Selanik’e dönüp okulunu bitiren Mustafa, Selânik Mülkiye Rüştiyesine kaydoldu.

İçindeki asker olma arzusuna karşı koyamayan Mustafa, annesinin askerlik mesleğine sıcak bakmamasına rağmen, gizlice girdiği Askeri Rüştiye sınavlarını kazanarak 1893’te Selanik Askeri Rüştiyesi’ne yazıldı. Bu okulu çok seven Mustafa, yazları dayısı Hüseyin Efendi’nin yanına giderek, okul zamanına kadar çiftlikte kalırdı.

Selanik Askeri Rüştiyesi’nde üstün zekası ile dikkati çeken Mustafa’ya bu okuldaki tüm öğretmenleri arkadaş muamelesi yapmaya başlamıştı. Bu okulda matematik öğretmenliği yapan Yüzbaşı Mustafa Efendi, genç öğrencisinin başarılarından dolayı, sınıftaki diğer Mustafalarla aralarındaki farkı belirtmek üzere öğrencisinin adının sonuna “Kemal” ismini ilâve etti. Böylece “Mustafa Kemal” adını almış oldu.

Rüştiye’yi bitirdikten sonra 1895 yılında Manastır Askeri İdadisi’ne girdi Mustafa Kemal’in fikir hayatının oluşmasında ve gelişmesinde Manastır Askeri İdadisi’nde okuduğu dönem oldukça etkili oldu. Burada ilerde ünlü bir hatip olarak tanınacak Ömer Naci ile arkadaşlık yaptı. Ömer Naci, Mustafa Kemal’in hitabet ve edebiyat sevgisinde etkin rol oynadı.

Mustafa Kemal, askeri öğreniminin yanı sıra yabancı dil öğrenimini de ihmal etmiyor yazları izinli olarak Selânik`e döndüğü zaman Fransızca dersleri alıyordu.

Makedonya’da bulunan Manastır Askeri İdadisi’ni başarı ile bitirdikten sonra 1899’da İstanbul Harp Okulu’nun piyade sınıfına yazıldı. Harp Okulu öğrencisiyken, idarenin siyaset alanındaki yanlışlarını ve aksaklıklarını belirtmek ve eleştirmek maksadıyla kendi el yazısı ile bir gazete çıkardı.

1902 yılında Harp Okulu’nu Teğmen rütbesiyle, 1905 yılında da Harp Akademisi’ni Kurmay Yüzbaşı rütbesiyle bitiren Mustafa Kemal, Kurmay Yüzbaşı olarak ordu saflarına katıldı.